I movimenti dei flussi di acqua e la circolazione delle correnti marine per il ricambio idrico
nel Mar Egeo sono condizionati da diversi fattori naturali.
Esistono dei flussi superficiali di acqua uscente dal Mar Nero attraverso i Dardanelli con una velocità in condizioni
normali di 1 o 1,5 nodi, altri flussi uscenti sono localizzatti in profondità a nord est in direzione del Mar Nero e un'altro
dall'Egeo al Mediterraneo nella zona tra Creta e il Peloponneso.
Il maggior flusso di acqua in entrata
proviene dal Mediterraneo con le Correnti che si sviluppano in via principale fra l' isola di Rodi e la costa turca.
Complessivamente la circolazione risulta costituita con branca ascendente orientale e branca discendente occidentale.
Le perturbazioni però stravolgono questo andamento a causa dei venti determinando delle forti
correnti di deriva tali da modificare le correnti di gradiente.
I venti settentrionali prevalgono durante i mesi di marzo novembre favorendo il flusso uscente verso il mediterraneo, mentre
in inverno e nel tardo autunno prevalgono i venti sciroccali che accelerano le correnti marine entranti.
Anche le varie isole durante pertubarzioni locali determinano lo sviluppo di correnti molto intense nei canali, tali da
modificare lo schema generale dei flussi d'acqua.
Una famosa corrente marina di notevole intensità è quella di Euripo che si crea tra l'isola di Eubea e il continente.